В годы Великой отечественной войны и блокады Ленинграда в музее прекратилась научно-производственная деятельность ЦНИГР музея.
В связи с непосредственной угрозой, нависшей над Ленинградом, коллектив музея принял все возможные меры для сохранения коллекционного фонда. Начиная с первых дней войны все сотрудники были переключены на работы, связанные с подготовкой коллекций, инвентаря и оборудования к сохранности от бомбежек и разрушений. Наиболее ценные научные геологические коллекционные материалы, главным образом монографические палеонтологические оригиналы, а также уникальные образцы минералов и полезных ископаемых были уложены в ящики и переданы на хранение в подвалы Ленинградского горного института, куда было направлено 479 ящиков, содержащих около 80 тысяч образцов. Выставочные образцы из витрин музея были также убраны, и уложены в магазинные ящики витрин, а частично упакованы в 275 ящиков и перенесены в подвалы здания ВСЕГЕИ. Крупные штуфные образцы оставались в залах музея, закрытые специальными деревянными колпаками. Эта трудоемкая и кропотливая работа велась два с половиной месяца. Кроме того, из деревянного склада-сарая, находящегося во дворе ВСЕГЕИ, часть ящиков с коллекциями пошла на укрытие окон первого этажа здания и около 2500 ящиков было вывезено на окраину города. Упаковка коллекций, приборов, оборудования проводилась по детально разработанному плану. Каждая выставочная тема, каждая отдельная коллекция упаковывалась в ящики, на которых ставился номер витрины и номер выставочного окна, откуда были взяты образцы. Такая система упаковки после окончания войны дала возможность в кратчайший срок восстановить экспозиции в залах музея. Работоспособные сотрудники музея были мобилизованы на оборонные работы, часть их была выделена для дежурств во время воздушных тревог. В связи с условиями военного времени было произведено значительное изменение в штате музея: начиная с середины III квартала 1941 г. некоторые сотрудники выбыли из Ленинграда, некоторые были мобилизованы в Советскую Армию, частично штаты были сокращены. Директор музея академик П. И. Степанов был вызван из Ленинграда и руководство музеем возложено на П.Н. Варфоломеева.
Из 64 человек штата музея к 25 августа 1941 г. осталось 27, из них 7 были полностью освобождены от работы в музее, т.к. они были включены в команды МПВО и пожарную команду ВСЕГЕИ. Таким образом, оперативную работу музея выполняли 20 сотрудников, которые, кроме того, несли сменное круглосуточное дежурство по охране музейного имущества и инвентаря.
В тяжелых условиях, без отопления и освещения, в суровую зиму 1941-1942 гг. сотрудники продолжали свою работу. Условия становились все более тяжелыми, а сил оставалось все меньше и меньше. От голода и болезней умерли
Б.П. Асаткин, Н.А. Башмакова, А.В. Белоликов,
В.Ф. Белявская, С.В. Боголюбова, Г. Т. Вебер, Е.С. Воробьев, К.Г. Иосса, Г.О. Михалюнас, В.Н. Никифорова, Л.Н. Пескова,
А.В. Фаас. Защищая родной город, на фронте погиб экскурсовод А. Т. Захаров.
Годы Великой Отечественной войны
Залы музея в 1941-1942 гг.
В период обстрелов и бомбежек в декабре 1941 г. осколками от снарядов были повреждены центральные купола здания, частично чердачное помещение и стеклянные потолки центрального зала, было выбито около 40 окон.
Разбитые окна забивались фанерными щитами, залы музея постепенно очищались от битого стекла, обвалившейся штукатурки и мусора. 24 апреля 1942 г. в результате артиллерийского обстрела один из крупных снарядов, пробив крышу здания, разорвался на чердаке. Громадная площадь потолка была разрушена, разбиты стекла почти во всех окнах и витринах центральных залов музея. Стеклянные купола здания были почти полностью разрушены, из-за чего залы музея в дальнейшем страдали от дождей и снега. Приходилось ежедневно заколачивать окна фанерой, картоном, убирать грязь и мусор с паркетных полов. Было заколочено более 80 окон.
К маю 1942 г. в штате музея осталось 12 человек: старейшие сотрудники музея:
П.Н. Варфоломеев, исполнявший обязанности директора музея,
Т.Е. Вульф, 3.Д. Григорьева, А.И. Евгенова, Н.Н. Лобашева,
М И. Яхонтова - старшие научные сотрудники,
Л.А. Истратова, Т.М. Мальчевская, К.А. Ревунова, А.П. Соболева - младшие научные сотрудники,
Н.А. Гусман, Е.И. Полонская - бухгалтеры,
В.П. Кумпан, А.Н. Тимофеева, В.Н. Никифорова - коллекторы, А.Г. Осипова - курьер.
Несмотря на отсутствие сил, все сотрудники музея, кроме выполнения своих прямых обязанностей, участвовали в общегородских работах: на строительстве оборонных сооружений в окрестностях Ленинграда, устройстве огородов, заготовках дров на зиму, очистке улиц от снега. Кроме того, сотрудники вели просветительную работу: лекции проводились в основном в Военно-морском госпитале №2. Для нужд оборонной промышленности систематически разбирался весь дублетный коллекционный материал и отбирались образцы нужных видов минерального сырья.
Обстрелы и бомбежки осложняли и ухудшали общее состояние помещений музея: обвалы и сырость разрушающе влияли не только на сохранность музейной мебели, но и на некоторые виды коллекционных материалов, например на коллекции солей, на некоторые типы колчеданных руд, ископаемых углей и др.
Война нанесла музею значительные повреждения, и в годы восстановительных работ сотрудники музея, ВСЕГЕИ и библиотеки, из которых были организованы специальные бригады, принялись залечивать эти раны. Тонны мусора, грязи, осколков стекол, глыб обвалившейся штукатурки, кирпича были вынесены из кабинетов, залов музея, здания ВСЕГЕИ и библиотеки.
Начало восстановительных работ, 1944 г.
Восстановление скелета утконосого динозавра, 1945-1946 гг.
Одни выносили мусор, другие освоили профессию стекольщиков и, подвешенные на люльках, стеклили купола здания и окна кабинетов и выставочных залов. Осваивались различные специальности; каждый стремился поскорее создать хотя бы минимальные условия для исполнения своих прямых обязанностей. Первый этап работ был пройден, затем, по окончании войны, специальные строительные организации завершили восстановление здания и помещений музея.
Начиная с сентября 1944 г. штатный состав музея был увеличен до 28 человек. «Костяк» музея состоял из уцелевших в тяжелые годы блокады сотрудников с большим производственным стажем.
В 1945 г. все коллекции были перевезены из подвалов Горного института, проверены и заактированы. Было установлено, что в годы войны погибли всего 35 ящиков с коллекциями – около 7% от общего количества. Геологические коллекционные материалы, картотеки, рукописные работы и ценные издания, хранившиеся в подвалах ВСЕГЕИ, полностью сохранились.
Работы по обновлению экспозиций в залах региональной геологии
Обновленные экспозиции залов полезных ископаемых
Комиссией была предложена новая схема геологического районирования территории страны, в соответствии с которой перераспределялся имеющийся и располагался вновь поступающий коллекционный материал.
В дальнейшем, по мере поступления новой геологической информации, экспозиции по региональной геологии поочередно обновлялись. В качестве консультантов значительную помощь в данной работе оказывали К.Н. Паффенгольц, Л.И. Красный, Б.П. Марковский,
П.К. Чихачев, В.Р. Мартышев, В.П. Нехорошев и другие геологи ВСЕГЕИ.
В 1959 г. была проведена реэкспозиция выставок по месторождениям полезных ископаемых на генетической основе; в качестве консультантов были привлечены ведущие специалисты ВСЕГЕИ - П.М. Татаринов, Н.К. Морозенко, П.П. Боровиков, В.Г. Грушевой,
Д.В. Рундквист, Н.Н. Сарсадских, Н.Н. Курек и другие.
В дальнейшем, по мере поступления новой геологической информации, экспозиции по региональной геологии поочередно обновлялись. В качестве консультантов значительную помощь в данной работе оказывали К.Н. Паффенгольц, Л.И. Красный, Б.П. Марковский, П.К. Чихачев, В.Р. Мартышев, В.П. Нехорошев и другие геологи ВСЕГЕИ.
В 1959 г. была проведена реэкспозиция выставок по месторождениям полезных ископаемых на генетической основе; в качестве консультантов были привлечены ведущие специалисты ВСЕГЕИ - П.М. Татаринов,
Н.К. Морозенко, П.П. Боровиков, В.Г. Грушевой, Д.В. Рундквист, Н.Н. Сарсадских, Н.Н. Курек и другие.
В первые послевоенные годы были восстановлены в своем довоенном облике почти все экспозиции, для чего пришлось просмотреть более 400 000 образцов, написать более 20 000 выставочных этикеток и тысячу аншлагов, подготовить соответствующую графику. 1 ноября 1947 года ЦНИГР музей вновь был открыт для широкой публики.
К сожалению, академик П.И. Степанов, который руководил музеем около 30 лет, из-за ухудшающего здоровья не смог вернуться к музейной деятельности, в августе 1947 г. его не стало. В его лице и музей и отечественная наука потеряли выдающегося организатора, замечательного ученого и высокопрофессионального знатока музейного дела.
В 1949 г. - начале 1950 г. руководство музеем осуществлял член-корреспондент АН СССР В.П. Ренгартен.
В апреле 1950 г. директором был назначен П.Н. Варфоломеев.
Научная деятельность музея направлялась музейным советом, во главе которого в 1954-1962 гг. стоял заместитель директора ВСЕГЕИ А.П. Марковский. В связи с расширением геологической изученности территории страны и накоплением нового фактического материала, возникла необходимость перепланировки экспозиций регионального отдела. В 1954 г. была создана рабочая комиссия под председательством С.А. Музылева, в состав которой вошли ведущие специалисты ВСЕГЕИ - Л.И. Боровиков, Е.П. Брунс, В.Н. Верещагин, Н.П. Луппов, К.Н. Паффенгольц, А.П. Ротай, Т.Н. Спижарский и другие.